En af udfordringerne ved grønne robotter er den
store variation inden for det biologiske materiale. Der er ikke to
planter eller frugter, der er helt ens, eller placeret på samme
måde i forhold til omgivelserne. Desuden er det biologiske
materiale for det meste levende og kræver særlig skånsom
håndtering.
En anden udfordring er at udnytte de grønne robotters potentiale
til at udføre biologisk produktion i et holistisk perspektiv, hvor
der kan tages hensyn til bæredygtighed og biodiversitet. Mange
produktioner er ensartede og monokultur er fremherskende, fordi det
er nemmere at styre og håndtere med nutidens redskaber. Dette er
dog ikke helt naturens præmisser. Derfor er det vigtigt at få
robotterne i spil, da de vil kunne udføre, ofte mere komplicerede,
økologisk hensigtsmæssige produktionsmetoder.
Desuden ligger der en udfordring i at indarbejde fremtidens
drivmidler i robotternes drift, hvilket kunne være el, brint,
biogas m.v. En anden udfordring er det miljø, som de grønne
robotter skal arbejde i. Her er der ofte tale om udendørsarbejde
under indflydelse af vejrlig, mudder og støv - eller indendørs i
stalde og væksthuse med fugt, støv, varierende belysning og
begrænset plads.